朱常洛憋屈极了，他异常的痛恨这个婴儿的身体，现在除了“哇哇”哭两声抗议之外，没有任何办法，只能坐视事态向着他最不愿意看到的方向发展。
慈圣皇太后开始出招了，当她知道了此时内阁中仅有的两个阁臣张四维和申时行不再那么听话后，并没有惊慌，而是从容的开始布局。
她先是通过冯宝联络外臣，绕过内阁，廷推了原兵部尚书梁梦龙为新的吏部尚书，以代替被万历皇帝罢免的王国光；接着召回总督蓟州、辽东军务的吴兑为兵部尚书，填补了梁梦龙留下来的空缺，牢牢的控制住了这两个除了内阁外最重要的部院；紧接着旧事重提，还是采用廷推的方式让张居正死前推荐的余有丁顺利进入内阁，成为了如今内阁的第三位阁臣。
这些大动作过后，慈圣皇太后并没有罢手，而是又把手伸进了京营。她把一向中立的协理京营戎政王遴调往南京任工部尚书，然后让兵部右侍郎贾应元转任协理京营戎政，企图控制京营。
明朝军队分为京军和地方军两大部分。京军为全国卫军的精锐，平时宿卫京师，战时为征战的主力。洪武初年，京军有四十八卫。成祖迁都北京，京师接近前线，京军多达七十二卫，并正式成立了五军、三千、神机三大营，合称京营。平时，五军营习营阵，三千营主巡哨，神机营掌火器，战时扈驾随征。
土木之变后，京营主力损耗殆尽。景泰帝时，兵部尚书于谦对京营编制进行改革，于三大营中选精锐十万，分十营团练，以备紧急调用，称十团营。后又经过数度变革后，嘉靖帝时，恢复永乐时三大营旧制，不同的是三千营改名神枢营。
由此，京营框架正是确立下来，下辖五军、神枢、神机三大营，额定兵员十四万人。以大将一员为统帅，称总督京营戎政；以文臣一员辅佐，称协理京营戎政。
总督京营戎政历来有勋贵担任，名为京营统帅，实则处处受到限制。上有兵部制约，下有副将、参将、游击分权，战时还有监军掣肘，所以这个京营总督平时反倒要看协理京营戎政的脸色行事。
京营的现任总督乃是自隆庆五年便坐在这个位置上的杨炳，他是杨信之后，世袭彰武伯。这些能够传承百年的世袭贵胄，大都懂得明哲保身，只会做好本分之事，很少会参与各种争斗。这也是他们这些勋贵得以延续至今的不二法门。
这一番举措过后，内阁余有丁、吏部尚书王国光、兵部尚书吴兑，加上礼部尚书徐学谟、工部尚书曾省吾、左都御史陈炌等都是慈圣皇太后的人；再加上掌握朱批权、能够制衡内阁的司礼监、冯宝手中掌控的东厂、刘守有的锦衣卫（并不知道刘守有是万历的人），如果能再用贾应元控制了京营……
至少从表面上看来，万历皇帝朱翊钧绝对没有了翻盘的可能了。
对于慈圣皇太后的连番手段，万历皇帝仿佛被打懵了，明面上并没有采取任何应对措施，似乎是接受了现实。
朱常洛又再次见到了万历皇帝。
年轻的皇帝再次恢复了每天必去景阳宫的惯例，同王恭妃谈笑一阵，临走前还会抱着朱常洛亲热一会。表面上看来，他似乎在无声的向慈圣皇太后妥协了，放弃了同自己的母后争权。
朱常洛并没有因此而感到开心。
他不相信历史上那个调度了几乎同时进行的万历三大征的皇帝会放弃，唯一的解释，年轻的皇帝在麻痹太后，等待时机或者积蓄力量，准备致命一击！
朱常洛现在已经能够想象的到，也许等到皇帝发动雷霆一击之日，就是自己憋屈悲惨人生的开始。
万历十年十二月初七，御史江东之弹劾锦衣卫指挥同知徐爵勾结张居正家奴游七，通行贿赂，罔顾国法。
万历皇帝这次迅速作出反应，直接通过内阁下诏逮徐爵入狱。
这看似普通的行贿事件，却像是在平静的湖面上投入了一颗石子，刹那间风云突变起来。
了解内情的人都知道，这徐爵乃是冯宝的心腹，在锦衣卫中是可以直接与掌管锦衣卫的刘守有抗衡的人，专掌锦衣卫南镇抚司，平时威风八面。
还没等关注此事的人从这件事情中回过味来，次日，御史李植列数冯宝十二大罪状，矛头直指冯宝。
万历皇帝当即通过内阁下诏，降司礼监掌印太监兼提督东厂冯宝为奉御，即刻发往南京安置，永不得入京。
接着又起一诏，谕锦衣卫掌卫事、左都督刘守有，即刻点齐本卫人马，分于玄武门、午门、东华门、西华门各门换防，无朕旨意，宫中任何人等不得进出。
笔墨未干，又连下数诏。
谕彰武伯、总督京营戎政大臣杨炳，赐天子剑，严格约束京营各部人马，无朕旨意，任何人不得擅自调动，违者可先斩后奏。
谕都督佥事、神机营副将坐堂官李如松，即刻起率领三千本部人马进城，换防京城九门，余部于正阳门至承天门一带集结，严密监控两旁五府六部各衙门，凡无朕旨意外出之官员，可自行羁押。
谕指挥使、五军营副将坐堂官管达干，严格约束本部人马，无朕旨意，不得擅自调动，违者按谋逆论处。
谕指挥使、神枢营副将坐堂官侯之胄，严格约束本部人马，无朕旨意，不得擅自调动，违者按谋逆论处。
然后，又谕令内阁知会京中各衙门，所属人员务必于衙门中恪守职事，禁止外出。
如此，年轻的万历皇帝朱翊钧依靠着锦衣卫和神机营，突然发难，更换了京城九门的守卫和内宫各门的守卫，成功的掌控了京师。
为了不至于引起混乱，安抚京城不知情的百姓，内阁对外宣称这是皇帝陛下在演习“内操”，无需惊慌。
相对于京师得到了安抚的百姓，宫中可以说是乱作一团、人心惶惶。控制了局势的万历皇帝并没有对他的亲生母亲慈圣皇太后怎么样，也没有对抱着朱常洛的王恭妃如何，而是仅仅下了两道简短的圣旨，一道是下旨处死了慈宁宫和景阳宫所有的宫女太监；第二道是按照一个事先拟好的名单抓捕宫女太监，处死的、贬往各地的不计其数。
至本月十八日，仅仅十来天时间，京师已经恢复了往日的平静，大局已定。
万历皇帝采纳御史孙继先的奏请，下旨恢复了之前在张居正当政时上疏谏言而遭罢斥的各大臣官职。
同时，御史江东之弹劾吏部尚书梁梦龙、工部尚书曾省吾、侍郎王篆等因贿赂冯宝、徐爵而得此官职。万历帝当即下旨，罢斥王篆为民，令梁梦龙、曾省吾致仕，召回南京户部尚书杨巍为工部尚书，改命刑部尚书严清为吏部尚书，并批复了判处徐爵、游七等人死罪的奏请。
万历十一年，刚过完元旦没几天，万历皇帝便下诏召回南京兵部尚书潘季驯接任京师刑部尚书。
二月，协理京营戎政贾应元被羁押审问，五月被革职为民。
三月，下诏追夺了张居正的官阶，兵部尚书吴兑因被弹劾依附张居正、贿赂冯宝而被罢免。
七月，左都御史陈炌被科道言官弹劾，遭到罢免。
十月，在张居正死后为了自保而联姻申时行的礼部尚书徐学谟，这最后一个属于“后党”的尚书级大员，再次遭到了科道言官的弹劾。这次吏科给事中邹元标等人弹劾他“勾结张居正、阿附申时行”，此时由于张四维丁忧回家而暂代首辅的申时行为了避嫌，不敢再袒护徐学谟，万历帝令徐学谟致仕。
至此，张居正时代依附他的所有“后党”大员，或被勒令致仕，或被罢斥为民，曾风光十多年的“后党”已不复存在，就连慈圣皇太后也开始专心事佛，轻易不再踏出慈宁宫半步。