《混沌初元诀》功法共分四大境界，分别是：纳灵境、灵动境、蜕变境和塑身境，也可称为初期、中期、后期和峰期四境界。每个大境界分别有十二重小境界，共计一百四十四重小境界。暗合无生一，一生二，二生三，三生万物的大道理念。
把激动的心情平息了下来，至灵启重新打开石匣，为了避免幽冥裸杆菌丛再生异端，他迅速出手从石匣中扯下一根小菌杆，随即快速的关上石匣。
菌杆入腹，阴寒冰刺的小蛇，再次冲入命门，出命门入气海，出气海沿任脉进督脉入识海，再由识海经督脉进命门，再出命门入气海，一圈又一圈的冲击着至灵启的神识和魂体。
痛苦凄厉的叫声，又一次回荡在山洞中。这次至灵启的身体没有栽倒在石鼓上，不过他浑身的青筋如同蚯蚓一般臌胀扭动着。强忍痛苦中的至灵启隐隐感觉到，自己的力、气、神正在快速的增强。
面对浓郁的灵力能量，《混沌初元诀》功法自行运转的速度越来越快。大量的灵力能量和寒毒被吞噬炼化，然后转化成灵气，成为了命门、气海、识海以及各大经脉、穴窍不断扩展壮大的养分。
灵力能量源源不断的进入，越来越多的灵气被转化出来。也不知道过了多长的时间，忽然命门、气海和识海发生了一丝异变。命门中出现一丝纯净的灵力，气海出现一丝奇异的灵能，识海也同时生出一丝约两寸长短棕丝粗细具有超级感应能力的意念神识。
没有任何的杂质一般，虽然都只是生出一丝，但是却不象幽冥裸杆菌的灵力能量那般，狂野阴寒不说，还根本无法操控。
至灵启试着操控刚生成的那一丝神识，至灵启细细感应中，只觉周围一切纤毫毕现，比起自己眼睛目力观察的还要清晰分明得多。
神识不断向外延伸，他估量着距离，待到约莫五米时，便连忙停了下来，初开神识目前只能够探查周围方圆五米的距离，即便是五米的距离上也让他力有不逮了。
初生的神识还十分脆弱，因此，至灵启也不敢令其探查感应时间太久，以免损伤根基。
休息了大约一刻钟的时间，至灵启感觉刚才神识探查造成的神魂疲惫感才完全恢复。他接着使用神识去控制命门生出灵力和气海生出灵能。虽然操控生疏滞涩，但行为还是可行的。
对于识海生出神识、命门生出的灵力和气海生出的灵能，惊讶和探查过后，至灵启知道自己的修为已经达到了纳灵境第二重。
按下激动的心情，至灵启接着继续炼化这根小菌杆剩余的灵力能量。
他知道，在这灵气稀薄的深渊山谷中，既然自己已经走上了修炼之路，就不能浪费任何一丝资源。自己必须不断的吞噬炼化现成的幽冥裸杆菌，才能尽快提升修为，才能走出深渊，去寻找改变神魂虚体重新塑造人身的道路。
再次打开石匣快速掰出一根幽冥裸杆菌菌杆，接着就是拼命吞噬炼化。一根接一根从小到大、从短到长的菌杆被至灵启掰出吞噬炼化掉，其修为境界也在不断的提升。
第三根、第四根、第六根、第八根……，纳灵境第二重、第五重、第七重……。当第九根菌杆被吞噬炼化掉时，至灵启感觉此时命门、气海和识海的体积扩展到了半径三十米方圆，他的神识也发生更大变化。
神识探查范围扩大到了半径二十米的方圆，神识感应似乎无孔不入，观察能力简直到了细致入微的程度，在神识的探查之下，先是看到了飘浮于空气中微小的的尘埃和水汽颗粒。这些尘埃和水汽颗粒让空气显出微微的湿意。
渐渐的神识之力深入了下去，空气中数以亿万万计的尘埃和水汽颗粒不停波动跳跃着，宛若漫天的繁星，又仿佛汪洋中的波涛，波光粼粼、浪花点点，分分合合、聚聚散散。
神识之力继续深入探索下去，忽然感觉有一些尘埃和水汽颗粒上面有着青色的光芒在微弱的闪烁，闪动的光芒虽然很少很弱，但是它们依然没有逃过至灵启的神识感知。
“这是什么？难道这就是存在于天地间的灵气吗？” 至灵启第一次看到这种奇异的境况，只是下意识的做出了这种猜想。
他探查到的确实是天地间的灵气，也正是因为他现在有了强大的神识，所以才能很快就寻到了天地灵气，其他修真者往往需要几年，甚至更长的时间才能达到神识入微的境界。
至灵启现今能够感应到天地灵气的存在，他知道待幽冥裸杆菌吞噬炼化完后，如果没有找到新的天材地宝供自己吞噬炼化，就必须从空气中吸收灵气来缓慢提升自己的实力。
稍加思索，他便按照《混沌初元诀》功诀中吸收自然界游离灵气的运行方法，打开命门、气海和百汇三处大穴，命门到气海，气海到识海，再由识海到命门的循环行功模式开启。
不大一会，空气中的游离态灵气就逐渐向命门、气海和百汇三处大穴汇聚而来，被过滤后慢慢进入命门、气海和识海，并按循环行功线路被吞噬炼化。
从点点继而汇成细细的一丝，至灵启神识感应循环行功线路中，有那么一丝似有似无的灵气线在游动，运行中略带温凉的味道，感觉特别细微也很舒爽。如果不是至灵启的神识之力足够强大，很可能感觉不到。
有了第一次成功的经验，至灵启试着用神识将周围命门、气海和百汇无法吸附的灵气拘禁拉近身体，于是便有更多的灵气涌入了至灵启的三处大穴之中，随之温凉的感觉愈加浓厚。
这种感觉非常的奇妙，让人感觉心底宁静恬淡，无比的舒适，如同炎炎夏日里突然吹来的一缕轻风。与吞噬炼化幽冥裸杆菌相比，庞大暴力的阴寒灵气冲击撕扯所带来的绝大痛楚真是令人生不如死。
大约过了一、两个小时，渐渐的至灵启熟练的掌握了这种吸收灵气的方法。只是此时至灵启发现，周围的已经被吸收殆尽，自己的神识只能拘禁四周二十米以内的灵气，超出这个范围，自己就力不能及了。
尽管如此，至灵启还是欣喜异常，按照《混沌初元诀》的记载，他现在的情况应该是达到能够引灵气入体了，也就是真正的成为了一个修仙者了。
“从现在开始自己就是修仙者了！”睁开了眼睛，至灵启轻声的呢喃道。
虽然能够引灵入体了，至灵启的心中明白，这仅只是自己向着修仙之路迈出的第一步，要走的路还有着很长。还是先将余下的十根比较粗长的幽冥裸杆菌菌杆炼化吧！
看着剩下的十根菌杆，考虑到最后必将面临两根一尺左右最大的菌杆，想到其中蕴藏的巨大灵气能量，恐惧之心油然而生。他知道将其折断吞噬炼化是不可能的，因为灵气流失是必然的，他绝不能容忍自己因为害怕痛楚而畏惧，让灵气损失太不划算。
心急的至灵启把心一横，一次撕扯下两根小拇指粗细接近五寸的菌杆，而且毫不犹豫的纳入口中，应该出现的情况不难想象。
坚韧的魂体再次出现撕裂、愈合，吞噬、炼化，再撕裂、再愈合，再吞噬、再炼化……
这样的过程往返不停的持续着，和前两次吞噬炼化小菌杆相比，都远远不可以比拟的。皮肉、血脉、骨骼、经脉以及内脏，一切一切都在煎熬中不断地强化。此时，至灵启的修为如同坐火箭一般向上提升。
第十三根、第十六根、第十七根、第十九根……，纳灵境第八重、第十一重、第十二重……。
一天，十天，二十天……从开始炼化第一根菌杆到十九根菌杆全部炼化完成，不知不觉时间已经过去了二十八天。
当第十九根菌杆全部被吞噬炼化掉时，至灵启感觉此时命门、气海和识海的体积扩展到了半径七十米方圆，神识探查范围扩大到了半径五十米的方圆，命门灵力、气海灵能、识海神识的能团体积由原本两寸棕私大小增大到鸽蛋大小。
同时，至灵启似乎感觉到自己的魂体，隐隐有了向实体塑形转化似有似无的雏形，至于自己的功力修为和魂体强度具体到了何种程度，因为无法测试和无相对比较所以无从得知。