于是，路飞等人开始准备。路飞发动自己的霸王色霸气，将周围的黑暗气息稍稍压制。索隆、山治等人则将自己的武装色霸气和见闻色霸气提升到极致，准备迎接最后的战斗。
娜美用天气棒召唤出冰风暴和雷电，冰代表着寒冷的元素力量，雷电则是强大的自然正能量。乌索普拿出了他特制的 “元素破坏弹”，这种弹药融合了多种相反的元素力量。乔巴进入暴走状态，他的身体散发出一股纯净的生命之力，这也是一种强大的正能量。
罗宾用花花果实能力在周围设置了许多带有正能量符文的手臂，弗兰奇则将船上的所有能源都转化为正能量，通过镭射光线和其他武器释放出来。布鲁克用灵魂之音演奏出一曲充满希望和光明的乐章，这乐章中蕴含着强大的正能量，可以驱散黑暗。
当一切准备就绪，他们朝着黑暗圣杯发动了最后的攻击。各种正能量和相反元素的力量汇聚在一起，形成了一道绚丽多彩的光芒，朝着黑暗圣杯冲去。
黑暗魔法师看到这一幕，惊恐地瞪大了眼睛：“不！这不可能！” 但他已经无法阻止这一切。光芒与黑暗圣杯碰撞在一起，产生了巨大的爆炸。黑暗圣杯在爆炸中被炸得粉碎，黑暗魔法师也受到了严重的反噬，他的身体开始消散。
“你们…… 不会…… 得逞……” 黑暗魔法师的声音渐渐消失，他的黑暗力量也随之消散。随着黑暗魔法师被消灭，天空之城的黑暗气息逐渐褪去，天空重新变得明亮起来。
天空之城的居民们欢呼雀跃，他们对路飞等人充满了感激之情。路飞等人成为了天空之城的英雄，居民们为他们举办了盛大的庆祝活动。在庆祝活动中，路飞和伙伴们与天空之城的居民们一起欢笑、跳舞，分享着胜利的喜悦。
然而，在庆祝活动的背后，路飞等人察觉到了一些不寻常的事情。天空之城虽然恢复了光明，但一些地方仍然残留着一些微弱的黑暗气息，这些气息似乎在悄悄地影响着居民们的情绪。
经过调查，他们发现黑暗魔法师在被封印期间，曾在天空之城的各个角落埋下了黑暗种子。这些种子在黑暗魔法师死亡后，依然在发挥着作用，试图重新唤醒黑暗力量。
路飞等人决定彻底清除这些黑暗种子，他们在天空之城居民的帮助下，开始了新的行动。他们根据残留黑暗气息的线索，在天空之城的各个角落寻找黑暗种子。
在寻找的过程中，他们遇到了一些被黑暗种子影响的居民。这些居民原本善良友好，但现在却变得暴躁易怒，对路飞等人充满了敌意。路飞等人不忍心伤害这些居民，他们试图用和平的方式解决问题。
他们通过与居民们沟通、安抚，用自己的正能量驱散居民们心中的黑暗。在这个过程中，他们发现音乐和欢乐的氛围可以有效地缓解居民们的负面情绪。于是，布鲁克用他的音乐为居民们演奏欢快的曲子，乌索普则表演有趣的魔术，让居民们的情绪逐渐稳定下来。
在居民们的配合下，他们找到了一些黑暗种子。这些黑暗种子看起来像黑色的水晶，散发着微弱的黑暗气息。当他们试图摧毁这些种子时，种子突然释放出一股黑暗能量，将周围的空间扭曲。
路飞等人被卷入了黑暗空间中，这里是一个充满了恐惧和绝望的世界。他们看到了自己内心深处最害怕的场景，有路飞看到伙伴们一个个在自己面前倒下，索隆看到自己永远无法成为世界第一剑豪，山治看到自己失去了烹饪的能力……
“这是黑暗种子制造的幻觉，大家不要被迷惑！” 凌天大声喊道。他们相互鼓励，凭借着坚定的信念，逐渐摆脱了幻觉的影响。路飞率先清醒过来，他看着周围的黑暗空间：“我们要打破这个空间，摧毁黑暗种子！”
他们开始寻找黑暗空间的薄弱点，在寻找的过程中，他们发现这个空间是由黑暗种子的能量维持的，只要找到能量的核心，就能打破空间。经过一番探索，他们发现能量核心隐藏在一个巨大的黑暗漩涡中。
路飞等人朝着黑暗漩涡前进，一路上遇到了各种由黑暗能量形成的怪物。这些怪物形态各异，攻击力极强，但路飞等人已经熟悉了黑暗力量的特点，他们相互配合，轻松地击败了怪物。
当他们来到黑暗漩涡前，发现漩涡中有着强大的吸力，试图将他们吸入其中。路飞用橡胶手臂抓住周围的物体，防止被吸走。索隆、山治等人也各自施展本领，稳住身形。
他们想出了一个办法，利用大家的力量形成一个反向的能量漩涡，抵消黑暗漩涡的吸力。在大家的共同努力下，反向漩涡成功形成，他们逐渐靠近黑暗漩涡的中心。
在中心位置，他们找到了黑暗种子的能量核心。这个核心散发着强烈的黑暗气息，周围有一层坚硬的黑暗护盾保护着。路飞等人发动攻击，试图打破护盾。
路飞用出最强的橡胶攻击：“橡胶・大猿王枪・霸海！” 他的攻击狠狠地撞击在护盾上，护盾出现了一丝裂痕。索隆、山治等人也用出自己的最强招式，不断地攻击护盾。
经过多次攻击，护盾终于被打破。他们毫不犹豫地朝着能量核心发动了最后一击，将能量核心摧毁。随着能量核心的摧毁，黑暗空间开始崩塌，他们成功地回到了天空之城。
回到天空之城后，他们继续寻找其他的黑暗种子。在大家的共同努力下，他们终于找到了并摧毁了所有的黑暗种子。天空之城彻底恢复了和平与光明，居民们对路飞等人感激涕零。
在离开天空之城时，居民们送给他们许多珍贵的礼物和天空之城的特产。路飞等人带着满满的收获和美好的回忆，乘坐着万里阳光号离开了天空之城。