那日一起参与讨论的术士之中有个叫刘生的，嫉妒卢生、侯生平日受始皇帝宠信，听到这番话便去向始皇帝告密。
始皇帝听说之后勃然大怒，命人封锁所有城门，进行全城搜捕，务必抓捕归案！然而此时二人早已逃出咸阳，守城士兵大肆追捕三日，并未捉到。
始皇帝训斥了咸阳令后，心中的怒火仍然无法排解，于是招廷尉蒙毅说道：“我以前收取天下书籍，将不合时用的全部烧毁，为的是统一思想，营造太平盛世；朝廷还招集了很多术士，希望炼制仙丹，得到奇药，以保太平！”
蒙毅见始皇帝怒气正盛，不敢顶撞，只得顺着说道：“陛下所思所想都是万世之计，企是这些江湖术士所能理解？”
始皇帝并不理会蒙毅的话，接着道：“我为他们付出了如此之多，这些人却是怎么回报我的呢？韩终离去后一直不来复命；徐福等人耗费巨万建造巨船，入海寻仙，至今也还是没有得到仙药；我对卢生等人很尊敬，赏赐丰厚，如今他却诽谤我，来加重我的不仁！
我现在每天听到的都这些术士以寻仙之名来欺骗朕钱财的事！如今这些术士不但找不到仙药，还聚众抨击朕，甚至制造怪诞邪说来惑乱百姓！是可忍孰不可忍！”
“陛下息怒，这些宵小之徒都是欺世盗名之辈，不值得陛下动怒！”
“你说蒙蔽皇帝该当何罪？”
蒙毅不敢怠慢，道；“欺瞒皇帝，罪当死！依照刑律要活埋。”
“蒙毅，你立刻派人捉拿咸阳城中的术士，严加审讯，凡是打着仙人的幌子行骗之人一律下狱！私下有议论朝廷过失的人也一律逮捕！”
“臣领旨！”
于是蒙毅派人抓捕并审问咸阳城中所有的术士。很多术士以前都只是街头的地痞，没有什么骨气，只是为了迎合皇帝的欲望才诈称见过仙人，此刻为免除自己的罪过，互相告发。
最终查出触犯法禁的有四百六十多人，始皇帝下令全部在咸阳活埋，借以警戒后人。其余罪过轻微的则全部派遣到边境戍边。
听到这个命令，蒙毅大吃一惊，他负责案件的审理汇总，知道其中很多人是被其他人诬陷的，并没有罪，并且其中不少都是儒生出身，为寻求进阶之梯才当了术士，对帝国文人都有很大的影响力，因此蒙毅劝谏道：“陛下！四百多人之中不少是被牵连进来的，罪不至死，请陛下三思。”
始皇帝自从扫平六合以来，一直认为自己功盖五帝，前无古人后无来者，没想到卢生和侯生竟然这样议论自己，不仅否定了自己所有的功业，而且连一个合格的皇帝都算不上，其心中恼怒可想而知！如今当事二人全部逃脱，怒火无处发泄，如今蒙毅却求情，心中怒火又起，斥责道：“蒙毅！你也糊涂了吗？天下之大，如果我连自己的尊严都无法保全还如何治理国家？这些术士仗着我平日对他们的宠信，竟敢在背后抨击朝政，扰乱民心，如何能饶恕！你不必多说了，立刻处死所有在押的术士！”
蒙毅见到始皇帝如此决绝，知道再劝下去也不会有结果，只会更加激怒始皇帝，不得已只能领命而去。
长子扶苏与蒙毅一向交好，扶苏还娶了蒙毅的妹妹。蒙毅了解扶苏的脾气，知道他如果知道此事也一定会去劝谏始皇帝，因此出来皇宫便马不停蹄的赶到扶苏住处。蒙毅下马，连忙往长子府奔去。此时，扶苏正急匆匆的出门，二人差点迎头相撞。
蒙毅见扶苏一身朝服打扮，知道自己所料不错。但此刻他却假装不知，问道：“公子这是要急着干嘛？”
扶苏道：“听说父皇要处死四百多个术士，蒙兄赶紧同我一起前往劝谏父皇，阻止这件事啊！”
蒙毅连忙拉住扶苏，道：“公子此刻千万不要莽撞，陛下正在气头上，现在去劝谏非但阻止不了坑杀之事，还极有可能惹火上身！”
扶苏不满的说道：“我一直以为蒙兄是忠义之人，如今怎可见死不救？此刻不去劝谏，杀了这些术士，天下人必将认为父皇不明是非，滥杀无辜，大错一旦铸成，必将留下千古骂名啊！”
“此事我当然明白，不瞒公子，我刚刚就去劝谏过陛下，但现在陛下怒火难消，是听不进去劝谏的！”
“即使父皇不听我也要去！至少要让天下知道父皇身边还有忠臣！”
蒙毅拉住扶苏，急道：“公子三思啊！陛下身体日渐衰老，册立太子是迟早的事，现在不宜多生事端，触怒陛下！”蒙毅知道扶苏平日就与始皇帝多有芥蒂，这也极有可能是始皇帝迟迟不肯册立太子的原因，此番如果再触怒皇帝，太子之位就又远了一层。
扶苏根本听不进去蒙毅的劝阻，道：“身为臣子知道皇帝的过失而不指正，那就是不忠，是小人的行为，我扶苏岂是贪恋权位之人！”
于是甩开蒙毅的手，径直出了大门。
扶苏来到王宫觐见皇帝，始皇帝怒气刚刚平复了一点，正在批阅奏折。
扶苏进来之后，开门见山道：“父皇去年刚刚焚烧了天下之书，如今又要坑杀儒生，孩儿以为不妥。”
始皇帝冷笑一声，“哪里不妥？说来听听！”
“现在天下平定不久，百姓尚未被安抚，儒生们主张学习效法孔子行仁政，是有利于天下太平的！不应当用刑罚来惩罚他们。而且这样也会留下父皇擅杀的污名。”
始皇帝一直认为自己被欺骗，现在扶苏又来指责自己，刚刚平复下去的怒火一下又被点燃，一把将手中的奏折扔到桌上，生气的说道：“这些儒生到处散布谣言，抨击朝政，混淆视听，难道有利于天下稳定吗？我如今还活着，他们就那样污蔑我，容忍他们就能留下美名了吗？”
扶苏争辩道：“古人云，防民之口甚于防川，天下如此之大，又如何能够完全禁止的了？只有修圣德才能慢慢感化他们！”
始皇帝一向不喜欢儒家的学说，更加生气，道：“你何时也学会了儒生那一套？动不动就仁政、圣德，如果这也可以治天下，为何周天子制止不了诸侯纷争？看来只有让你见识一下杀戮，你才会知道儒生主张的那一套在现实中是根本行不通的！”
看到始皇帝发怒，扶苏不敢再争辩。父子二人沉默了片刻，始皇帝道：“你去陇西一带辅佐蒙恬监军吧！”
当日，始皇帝就下诏，令扶苏到北方监军。蒙毅得知消息后，喟然长叹！
始皇帝经历了卢生、侯生逃亡之事，心中非常郁闷。他也开始怀疑仙人是否真的能够找到。
随着年龄的增长，长子扶苏日渐成熟，在政治上也表现出了很多天分，他博闻强识，谦虚谨慎，心存仁爱，并且私下里亲近蒙毅等能臣，虽然在很多事情上与始皇帝存在意见分歧，但是始皇帝心中也不得不承认扶苏会是一个合格的接班人。
但是就性情上来讲，始皇帝却更喜欢与幼子胡亥亲近。胡亥没有任何政治天分，对国家大事也不感兴趣，但是他却对父亲发自内心的崇拜和孝敬，或许正因如此，他在生活中表现出更多的真性情。因此始皇帝每当遇到烦心之事，都喜欢让胡亥陪在身边。与胡亥在一起便会暂时忘记政治上的烦恼，只是以一个父亲的身份来教导儿子，也只有在此时才更能够体会到人生的天伦之乐。
就在扶苏离开咸阳的那个晚上，始皇帝心中烦闷，信步来到胡亥的宫中。
胡亥此时正在玩弄自己雕刻的木偶，见到始皇帝来到，连忙起身迎接，道：“父皇！您来的正是时候，快来快来，看看孩儿的雕刻！”
始皇帝一向宠爱胡亥，又没有对他寄予治国的厚望，因此对他喜好玩乐并不反感，只是让赵高教授他一些刑法断狱的常识。
始皇帝拿起两个小木人，“亥儿的雕刻越来越精湛了！这里怎么有一大一小两木人？是不是因为小的那个木料不够了？”始皇帝笑呵呵的问道。
“才不是呢，我是故意雕刻一个大的，一个小的，大的是父皇，小的是亥儿，我要永远陪着父皇，就像这两个木人，大的出现在哪里，小的就出现在哪里！”
“呵呵……难得亥儿如此孝顺啊！”始皇帝倍感温存。
“我还要雕刻好多呢，就像父皇下令制作的兵马俑，我也想照着兵马俑的样子为父皇雕刻出来一支威武的军队！”始皇帝曾带诸公子参观正在修建的骊山陵墓，胡亥对威武的兵马俑非常感兴趣。
“哈哈……那可需要太多了，你如果真这么想，就让下人们去雕刻好了！”
“亥儿要自己雕刻，我闲着也是无聊，不像大哥，父皇每次出巡都带着他，听说外面有好多好玩的，我都没玩过！”
“怎么，亥儿也想跟随父皇出巡吗？”
胡亥立刻眼睛放光，道：“当然想啊，跟着父皇出去，不仅可以一直陪着父皇，还可以看看外面的世界，整天呆在宫中都快闷死了。”
始皇帝见胡亥如此孝顺，便开心的说道：“好，下次出巡朕也带上你，让你出去看看我大秦的江山！看看辽阔的大海！”
胡亥一听始皇帝答应带自己出游，兴奋异常，连忙道：“谢父皇，谢父皇！您是天下最伟大最仁慈的皇帝！”
“哈哈……”
与胡亥呆在一起，始皇帝瞬间感觉轻松了许多，因扶苏惹出的不快也一扫而光。
始皇帝三十五年，前后经过八年的修建，万里长城终于铸成，始皇帝心中对于帝国安危仅剩的担心——匈奴，已经被完全挡在中原之外。大秦帝国至少在表面上已经固若磐石！
此时，以咸阳为中心的驰道四通八达，使得皇帝出行和百姓流动大为通畅，商业开始繁荣。但这同时出现了一个意料之外的后果，就是四周的百姓开始不断迁移到咸阳，加上从原来始皇帝就从东方六国迁移了大量的富豪，咸阳越发显得拥挤。
始皇帝喜欢易服出巡，时常感到诸多不便：咸阳城道路狭窄，人流密集，如果有两驾马车迎面驶过必定会占据了全部道路，行人无处避让；而且很多新迁移到咸阳的居民四处建房，使得咸阳城非常杂乱无章。
于是在朝议时，始皇帝道：“我觉得现如今咸阳人口众多，先王的宫廷也太过狭小了。听说周文王建都丰，武王建都镐，丰镐之间，都是帝王的都城所在。”
中车府令赵高立刻明白了始皇帝的意思，便符合道：“陛下自即位以来，扫六合，平天下，建立空前的功业，而居住的却仍然是先王的宫殿，是不合时宜的。”
李斯也明白始皇帝的意思，咸阳城拥挤的情况他也非常清楚，因此接着道：“咸阳的皇宫是按照诸侯宫殿的标准兴建的，而今陛下振长策而于宇内，富有四海，远非此前的诸侯可比，的确不应该再居住在以前的宫殿，并且近几年来现在咸阳人口急剧增加，渭水之北受两河限制，难以继续扩展，臣希望陛下另建新城！”
丞相冯去疾却道：“这几年，国家不断征发民力，修驰道，筑长城，北逐匈奴，南平百越，老臣以为应当与民修养，新城要建，但不宜操之过急。”
赵高反驳道：“丞相此言夸大了，如今除了骊山陵墓正在修建，国家根本没有大的工程，臣以为此时恰恰是时机，可以用省下来的民力修建新城，使之与咸阳城相连，彻底解决咸阳拥挤的现象。”
始皇帝见群臣都赞成修建新城，便道：“诸位爱卿都忠于国事，我非常高兴，冯丞相说的也有道理，兴建新城事关国家大计，不可能一蹴而就，我想先在渭水南岸的上林苑中兴建朝宫，以朝宫为中心，再兴建新城，如今先兴建朝宫，听说中车府令精通营造之事，希望你为我规划新宫。新宫即在渭水之南就暂时称作阿房宫吧！”
“臣一定不负圣望！”
一月之后，赵高绘制了新宫的图纸，对新皇宫进行了全面规划：新都城按照宇宙图式建造，朝宫之内引入渭水，象征天河，天河中间修建兰池，象征浩瀚的大海，然后兰池之中建造寝宫，称为仙岛，始皇帝闲暇之时便可在仙岛上求仙问道；
前殿是阿房宫的主体宫殿。东西五百步，南北五十丈，殿堂上可以坐一万人，殿堂顶下可以竖立五丈高的旗帜。周围环绕着架起阁道，从殿下直达南山。在南山的山顶上修建标志，作为门阙。在空中架设道路，从阿房宫渡过渭水，与咸阳相连接，以此象征天下阁道越过天河直至营室；
阿房宫门阙为磁石门，凡是觐见皇帝的人都要从此门经过，这样，行刺者所携带的兵器便会被磁石所吸引，从而保卫皇帝安全，震慑四夷；
此外，新宫之中还修建了上天台和祭地坛，分别祭祀天神和地神，以保佑大秦江山永固，万世不息。
始皇帝看了大为满意，于是召集隐官刑徒七十多万人，分成几批营造阿房宫，或修建骊山工程。挖运北山的石头，输送蜀地、荆地的木材，都集中到这里。关口口计宫殿三百座，关外四百多座。