都督郑成功率部稳定吕宋的同时，盘踞在爪哇巴达维亚的荷兰人也收到了消息，对于西班牙人只支撑了一天时间，巴达维亚内外的所有荷兰人都感到极度的震惊。
虽然所有人都知道大明帝国一旦出击，肯定是雷霆万钧之势，但是西班牙人毕竟是欧洲的老牌强国，一万数千正规军驻守坚固的马尼拉城，竟然也只支撑了一天而已，如此悬殊的实力对比，让这些荷兰人感到了深深的恐惧。
而就在这种恐惧之中，明军庞大的舰队在巴达维亚北方的海面上出现了。
荷兰人收到消息之后，已经没有能力派出舰队进行阻拦了，如今荷兰人的十四艘战列舰、四十九艘各式军舰，以及一百二十八艘武装商船组成的舰队已经覆灭，荷兰人已经彻底丧失了制海权。
而总督简·皮特斯佐恩·科恩只能命令荷兰全军备战，驻守在巴达维亚城内的两万荷兰军队严阵以待，部署在城外的三万多土人士兵也被整顿起来，进入了巴达维亚城外的各处防御工事内。
在简·皮特斯佐恩·科恩的计划里，一旦明军登陆并且推进到巴达维亚城下，这些土人大军就将向明军发起自杀式冲锋，日以继夜的进行袭扰，最大程度的消耗明军的兵力和弹药。
此时在海面上，郑成功也登上了旗舰秦始皇号，与海军都督施大瑄并肩站在指挥台上。
郑成功此时神态轻松的说道：“施都督多长时间可以将陆军各部运送到岸上？”
此时北洋舰队主力、东洋舰队全部的战舰已经集结在这里，数百艘新锐战舰也已经列阵完毕，每个支队都组成了一条战列线，正在原地待命。
而明军庞大的运输船队，此时也已经集结在舰队的后方，随时可以朝着巴达维亚的方向挺进。
施大瑄此时放下手中的千里镜，很是自信的说道：“郑督放心，最多两个时辰，我军舰队就能将所有将士运送到岸上！”
“两个时辰……”
“当然，大军的后续补给、物资肯定是来不及的，只能保证在两天之内全部运送到岸上。”
郑成功沉吟了一会儿，然后点头说道：“好！命令运输船队立即开始向巴达维亚城方向靠近，海军也要派出兵力进行警戒，大军立即开始登陆作战！”
“是！”
一个时辰之后，无数大明运输船出现在巴达维亚城以北的海域，这些运输船体积并不算太大，可以靠近到岸边很近的地方，将大批的明军各部将士运送过来。
而在后方，大明北洋舰队、东洋舰队各部战舰正在海面上进行警戒，只要荷兰人的军队出现在岸边，海面上的战舰就会对着滩涂开火，以掩护正在登陆的明军各部将士。
与此同时，巴达维亚城内的荷兰人与之前的西班牙人一样，已经陷入了恐慌之中。
城内的两万荷兰军队军心大乱，即便总督简·皮特斯佐恩·科恩指挥一众部下尽全力稳住军队，但是荷兰军队各部依然开始动荡起来。
再加上巴达维亚城内的荷兰侨民，以及城内还有部分华人、土人，此时这些华人、土人已经鼓噪起来，城中不断出现骚动，荷兰人只能不断的分出兵力进行弹压，随即双方便开始大打出手。
此时明军主力还在北面的滩涂上进行登陆，各部将士还没有南下围攻巴达维亚城的迹象，但是此时的巴达维亚城就已经开始乱了起来，就如同之前的吕宋马尼拉城一样，此时的巴达维亚城内，荷兰人已经成了华人、土人的报复对象，城内已经大乱起来。
而被总督简·皮特斯佐恩·科恩部署在巴达维亚城外的三万多土兵，此时也已经蠢蠢欲动，特别是面对城内不断传来的对战声音，更是给了这些土兵一记兴奋剂。
随着一些土兵头目“振臂高呼”，大队的土兵开始反过来进攻巴达维亚城，一时间三万多土兵堵在各处城门外，不断用手中的长矛，甚至是石块进行投掷。
而驻守在城墙上的荷兰人也是大为震惊，紧接着就愤怒的开始还击，城墙上各处的火炮以及火枪开始不断开火，大肆射杀着城外的土人士兵。
这场战斗只持续了不到一个时辰，当明军各部的夜不收开始出现在巴达维亚城北面的时候，城外的三万多土兵已经被彻底击溃。
围绕着巴达维亚城四面，无数的土人尸体堆积如山，鲜血化作溪流，开始在城外各处的工事中流淌着。
而巴达维亚城内的动乱，此时也没有彻底结束，城内的荷兰人依旧忙得焦头烂额。
随即驻守在城墙上的荷兰士兵便发现了明军的夜不收，顿时敲响了警报的钟声。
随即巴达维亚城内的荷兰人如丧考妣，甚至一些正在弹压城内华人、土人的荷兰士兵，此时都转身逃跑，开始为了自己的小命寻找出路。
当郑成功率领明军各部、仆从军各部抵达巴达维亚城外，并且开始指挥各部将士进行围城的时候，巴达维亚城已经彻底乱成一团，就连总督简·皮特斯佐恩·科恩都无力控制，只能下令紧闭总督府据守。
郑成功和一众将领纷纷举起千里镜观察巴达维亚城的情况，只见此时的巴达维亚城内已经燃起了许多的浓烟，甚至在军阵之中都可以听到城内喧嚣的声响，可见城内已经乱成了什么样子。
随后郑成功也开始打量巴达维亚这座第一次见到的欧式城池，也不由得倒吸了一口凉气。
巴达维亚城基本上算是一座放大了的菱堡，内外有两道城墙，内外的炮台、高台数量非常多，这还不算城中各处的射击孔与炮台。
整座巴达维亚城与其说是一座城池，倒不如说是一座大型的堡垒，当真是一个铁核桃。
此时郑成功微微皱眉，如果明军实打实的正面围攻，即便可以打下巴达维亚城，恐怕所需要付出的伤亡，也是自己无法承受的！
“幸好！”
郑成功此时望着前方乱哄哄的巴达维亚城，心中也不由得稍稍松了一口气，随即下令道：“命令各部按照预定计划开始围城，半个时辰之内，各部配属火炮开始齐射，命各部投掷手准备炸开城门！”
“是！”
明军各部以及仆从军各部动作迅速，甚至随着这些时日的征战，那些朝鲜国、日本国的仆从军也历练了出来，光是作战能力与作战意志，就比参战之前强出太多了，虽然还远远比不上明军各部精锐，但是与之前相比也算是脱胎换骨一般了。
轰！
随后没过多久，明军各部的配属火炮便开始轰击，很快巴达维亚城四面各处便被密集的炮火砸得尘土狼烟，驻守在城墙各处的荷兰士兵更是死伤惨重，更有大批的荷兰士兵开始朝着城内逃窜，部署在城墙上的数百门火炮也是稀稀拉拉的还击，到了后来更是直接陆续哑火，想必那些荷兰炮手此刻也是非死即逃了。
明军的炮击持续了打半个时辰，随后随着几声密集的巨响，巴达维亚城的两处城门被明军投掷手炸开，大量的震天雷集中爆破下，即便是巴达维亚这种以石头为主要建筑材料的城池，也照样是难以抵挡的。
“命令仆从军各部立即入城作战，驻防军各部随后跟进！”
“是！”
随后的战斗就没有丝毫的悬念了，随着朝鲜国、日本国仆从军各部冲进城内，巴达维亚城内的荷兰士兵已经没有像样的反击，而是彻底沦为被屠杀的羔羊。
很快，随着东南都督府驻防军第一营进入巴达维亚城内，城中的战斗便趋于结束，大批的明军士兵和仆从军士兵包围了城内的总督府，并且调运来了数门虎尊炮，直接对着总督府的大门近距离轰击。
轰！
总督府的大门应声而倒，大半个大门都被虎尊炮的散弹击碎，残存的一块门板也倒在地上桄榔了几下。
“杀进去！”
大队的明军将士和仆从军士兵蜂拥而进，守卫在总督府内的残存荷兰士兵抵挡不住，在明军大量燧发鸟铳的射击下纷纷倒地。
幸存的一些荷兰士兵此时已经被吓破了胆，一些荷兰士兵有样学样的跪地求饶投降，一些荷兰士兵则像是苍蝇一般到处乱窜。
而总督简·皮特斯佐恩·科恩此刻就站在总督府里面的一座三层楼上，透过窗户看到外面蜂拥冲进来的明军将士，简·皮特斯佐恩·科恩的脸上写满了绝望，一向被荷兰人视为“永不陷落的城堡”的巴达维亚城，竟然如此轻而易举的就被明军攻陷的，这种局面让简·皮特斯佐恩·科恩一时之间无法接受，随后猛地打开窗户，从三楼一跃跳了下来。
此时一队明军将士正好冲到这里，其中一名百总看到地上摔得血肉模糊，还趴在地上不断吐着血沫子的简·皮特斯佐恩·科恩，其身上还穿着总督服饰，这名百总当即就笑着对部下说道：“这应该是一条大鱼了！”
说完，那名百总就一枪结果了简·皮特斯佐恩·科恩，一名旗长更是拔刀将简·皮特斯佐恩·科恩的脑袋砍了下来。
经过一天的激战，荷兰人盘踞多年的巴达维亚城被明军攻下，郑成功随即下令对巴达维亚城内外进行清剿，并且开始清点各类缴获。
在随后的两个月时间里，郑成功就停留在巴达维亚城，开始指挥各部将士以及仆从军士兵，对爪哇各地进行梳理和清剿，同时稳定北面的吕宋各地。
而到了后来的崇祯二十七年七月，接到南洋大捷的消息，刘衍大喜之余，也召集内阁议事，紧接着就下达了建立吕宋都护府、爪哇都护府的命令。
当然，这些都已经是后话了。而就在郑成功这一路明军大获全胜的时候，李定国部与魏汉部也与英国东印度公司的大军展开了血战。