整个故事在东汉末年至西晋初的历史大背景下展开。 东汉末年，皇帝昏聩无能，宦官专权，朝廷腐败，百姓苦不堪言，进而爆发了大型农民起义——黄巾起义。乱世之中，一代枭雄与英雄人物竞相涌现。
修改章节内容，是时，袁绍和曹操领众诸侯以平“十常侍之乱”为名冲入皇宫，汉少帝刘辩与陈留王刘协慌乱出逃。在各路诸侯争相寻找刘辩和刘协的过程中，原屯兵凉州的董卓因救驾有功随即掌控朝中大权，废汉少帝，立陈留王刘协为汉献帝。生性残暴的董卓倒行逆施，引发多方愤然。曹操假借圣旨之名，召集群雄联合讨伐董卓，迫使其挟汉献帝至长安。董卓后被其义子吕布所杀。
此后，袁绍欲谋长沙太守孙坚手中的传国玉玺，孙坚在逃避途中遭荆州刘表所袭而两相结怨。孙坚在后进攻荆州之时死于战中。与此同时，袁绍与公孙瓒在河北地界争斗，爆发界桥之战。曹操广泛招贤纳才，刘备不断扩充实力。此时，群雄逐鹿中原的雏形初成。
汉朝末年黄巾起义形势。汉朝末年黄巾起义形势
董卓死后，曹操“挟天子以令诸侯”，迎汉献帝于许昌建都，并运用权谋除去了吕布、袁术等人。在其后的官渡之战中，曹操以少胜多大败袁绍，继而一统北方，为此后魏国的建立奠定了坚实的基础。
在江东，孙坚之子孙策多年苦心经营，终于称霸江东六郡八十一州。孙策亡故后，其弟孙权继业。孙权在周瑜等人扶持下，为吴国的建立积聚了强大的实力。刘备则与关羽、张飞二人桃园结义，共同立起辅佐汉室的大旗。刘备在汝南战败，投奔荆州刘表。而后刘备三顾茅庐，请得足智多谋而又心怀天下的诸葛亮辅佐。
曹操统一北方后开始举兵南征，矛头直指荆州和江都。此时，刘表亡故，其长子刘琦守江夏。次子刘琮接管荆州，后投降曹操，荆州于是落入曹操手中。面对曹操南征之势，刘备遣诸葛亮往江东与孙权结盟。诸葛亮凭借机智在江东舌战群儒，最终促成孙、刘联军，并在赤壁之战中通过反间计、连环计、苦肉计等一系列有步骤、有计划的行动，大破曹军，谱写了我国古代战争史上以少胜多的光辉篇章。
赤壁大战过后，刘备、孙权转而互争荆州。孙权遣鲁肃向刘备讨还荆州，刘备在诸葛亮的劝谕下多次推辞。周瑜向孙权献计，欲骗刘备前往东吴迎娶孙权之妹孙尚香为妻，进而扣留刘备，威逼诸葛亮以荆州换之。不料周瑜的计谋都被诸葛亮屡屡识破，致使其“赔了夫人又折兵”。周瑜最终在诸葛亮的讥讽中呕血而亡，留下了“既生瑜，何生亮!”的长叹。
周瑜死后，吴军忙于与曹军开战。刘备则在诸葛亮的劝说下打败刘璋，夺取西川，并从曹操手中夺得汉中，自封汉中王。至此，天下大势抵定，三国鼎立局面形成。刘备在巴蜀称帝，国号蜀汉；曹操称霸中原，后由其子曹丕篡汉，改国号为魏；孙权则坐镇江东一方。
后东吴与曹魏修好，孙权受封南昌侯。东吴大将吕蒙以白衣渡江之计夺取荆州。此时正在攻打樊城的关羽不得不退守麦城并在突围过程中被擒。关羽宁死不降而被孙权斩首。张飞亦被部下范强、张达所杀，刘备痛心疾首。
孙权继而拜陆逊为大都督，大败蜀军。刘备在率败军撤至白帝城之时病倒，并在临终前向诸葛亮托孤。曹丕此时趁机联合东吴、南蛮、羌族和蜀汉降将孟达进攻蜀国。诸葛亮派出马超、赵云等猛将把守关口，又派出李严，邓芝等人说服孟达与东吴。诸葛亮则亲领大军七擒七纵，平定了南蛮孟获之乱。
后曹丕病逝，其子曹睿即位。诸葛亮六出祁山，决心为刘备完成匡复汉室的遗愿。在此其间，诸葛亮收复姜维并以己平生所学相授。诸葛亮最终因操劳过度在五丈原病逝。姜维继承诸葛亮遗志，继续兴兵抗魏却被昏主奸臣所害，逃往阆中。魏将邓艾趁蜀国内乱之际发兵进攻，蜀主刘禅不战而降，蜀汉至此灭亡。姜维在司马昭的围攻下身负重伤，拔剑自刎。
东吴孙权死后，内乱不止，吴主孙亮被独揽大权的孙琳所废，孙休被立为帝。孙休联合老将丁奉除掉孙琳将大权夺回手中，但东吴此时也已呈现大江东去之势。在魏国，曹睿死后曹芳继位，司马懿从曹爽手中夺得兵权。后曹芳被废，司马兄弟立曹髦为帝，司马懿之子司马昭大权独揽。后司马昭之子司马炎篡位，改国号为晋，魏国灭。吴国最终被西晋所灭。
“天下大势，分久必合，合久必分”，百年战乱终于在此划下句点，西晋开拓了中国历史上又一个大一统的局面。