申时行听后难掩激动之色，立即拱手而拜道：“陛下此为良谋也！比禁天下书院讲学，无疑更利国利民。”
“书院原本多靠地方官僚与乡绅资助。”
“所以，要么因官僚积蓄不足，故往往因一官僚重学校而兴，也往往因一官僚轻视学校而衰；”
“也往往因当地新崛起的乡绅愿意助学而兴，也往往因新崛起的乡绅不愿意助学而衰。”
“另外，又因为在书院讲学者多为官绅，故书院从学和管理书院者，也就多得官绅庇佑而逃税乃至侵民田产或强役兵民；故使市乡之小民对其多为鄙夷。”
“也正因为书院讲学者多为官绅，而百姓难进，所以，书院所讲所传之学多不切实际，多是空谈心性，这也是太师不喜书院讲学之原因。”
“若能由朝廷出资接管天下书院，一则可以免使书院扰民，二则也免治学之地不能延绵文道，三则也可免使书院讲学之士绅皆是空谈之辈，而能得朝廷引导，多重实际，为将来崇尚太师重事功之实学做准备。”
申时行附和起来，且对其做了一番分析。
如此，既是不让天子觉得自己只是简单的奉承而是真的有在思考，也让天子看见自己是否与其理念一致。
“那就同时下诏，增设学部，拆分礼部举业与学校事务于学部！”
“同时，下诏令各布政司学政官查缉天下书院，奏请为官学，且奏请所推山长和书院其他管事者为学部祭酒官和司业、博士等官，同国子监祭酒品级，直属学部管理。”
“另外，各布政司学政官兼任学部侍郎官，以便于管理所在布政司的书院。”
朱翊钧也就如此对申时行吩咐起来。
申时行听后拱手称是。
于是，不久后，朝野就开始得知皇帝已下诏祀王守仁、陈献章二儒于孔庙，还增设学部，收天下书院为官学。
“谓崇王则废朱者，不知道固相成，并行不悖。盖在朱时，朱与陆辩，盛气相攻，两家弟子有如仇敌，今并祀学宫。朱氏之学，昔既不以陆废，今独以王废乎？”
“故守仁、朱熹学术，互相发明，不能因此废彼，当令其从祀。”
张四维在《邸报》上看见诏旨内容后，就暗自念了起来。
一时，张四维念着念着就把《邸报》摔在了桉上：
“先严行考成之法，现在又让王、陈从祀孔庙，我这个首辅还没下呢，他申吴县就这么迫不及待地要露自己锋芒？！”
张四维突然觉得，自己可能会在史书上的评价，可能连申时行都不如，也就更为沮丧起来。
“让王、陈从祀孔庙，这是要先鼓励世人在道学上敢于离经叛道，然后在制度上也敢于继续违背祖制吗？”
而本就对时下内阁对推行考成而严重不满的御史李植，则在看见这《邸报》后，颇为恼怒地对顾宪成、李三才等同僚说了起来。
“真是好文章全在起手，内阁这是有意乱天下人心！”
李三才也沉着脸说了起来。
顾宪成素来就对王学颇为批评，如今更是直接唾骂道：“申吴县果然非坦荡君子！为让天下人不再非议江陵，竟不惜先让王、朱二派士人乱起来，转移天下人视线！”
说着，顾宪成就又抬头看向李三才、李植道：“但的确是高招！”
李植则问道：“那他申吴县到底崇尚什么学问？”
“他是江陵学生，但江陵不提倡讲学，更不主张崇扬王学，饶是所留遗书里提到的学问已大不同昔日主张，但依旧是不主张空谈的！而偏偏他又为王学正名，岂不有违师命？”
“卑鄙无耻之徒，自然是什么利于他掌权，他就推崇什么！”
“他估计唯一崇尚的就是权力！”
“他比张蒲州还要善于伪装！”
李三才冷声说了起来。
“这么说来，又是一个权奸？”
李植听后问道。
顾宪成和李三才皆点首。
“也罢，且不管这权奸如何，我都得上疏请废考成法！再这样下去，恐出大事！”
李植这时说道。
顾宪成也点首说道：“多发动一些人，一起联名上疏，陛下应该明白，这样考成下去，是不利帝祚的！”
“朝中如果人人都是海刚峰，那这个朝廷本身就不正常！”
“天子既然圣明，当应清楚，一起上疏吧。”
李三才也说了起来。
于是，不久之后，朱翊钧就收到了许多请废考成制度的奏疏，且理由都是，如今天下大治，再这么严格考成，不合国家养士之制，尤其觉得内阁不该考成六科，而令言路不畅。
朱翊钧则下旨让这些人到政事堂廷议。
廷议是集中阁臣公卿与给事中、御史一起参与的议会制度。
朱翊钧很多时候已经只和政事堂的执政公卿直接决议政务。
但这次事涉制度的废与不废，且他有意看看自己倚重的公党官僚到底敢不敢为国家利益而争，同时也想看看自己同意申时行所请，下诏让王守仁从祀对崇尚王学的官员的拉拢效果。
所以，朱翊钧就才让这些大臣们廷议。
“考成法非祖制，内阁也非相府，不能专恣自断！”
御史张文熙就因此在廷议上首先发难。
而御史李植则也跟着言道：“内阁考成六科，会让内阁首辅更有排挤异己的机会，且易使天下言路只听命于内阁首辅，而不听于天下民意！陛下将不能因此明断也！”
“内阁又非一人，即便有首辅，也不能专断，需同其他阁臣商议，而都有密揭之权，怎么就会使言官因为被内阁管制而就只听命于内阁首辅？”
“难道内阁阁臣皆不是陛下所选正臣？”
刑部左侍郎王纂反驳起来。
“这样的内阁更易党同伐异，乃至比昔日徐、高、张之争还要剧烈！如此，岂利国家稳定？”
御史张元熙继续言道。
“难道无内阁，就不会滋生党争吗，陛下是调和阁臣之争容易，还是调和天下各乡乡党之争容易？”
兵部左侍郎曾省吾问道。
“曾确庵！”
“你这个献媚权奸的无耻之徒，有什么资格参与廷议！”
“你但凡要点颜面就当离开这里！”
李植见曾省吾等张居正党羽在廷议上积极为内阁说话，加上被驳的不知如何回答，一时就恼羞成怒，指着曾省吾骂了起来。
“天子钦定的资格，汝是要言天子昏聩，不当为人君吗？！”
张学颜这时质问道。
“我没有！我只是。”
李植一时不知该如何说才好。
申时行见此则道：“继续议正事，不要人身攻讦！”
“我还是那句话，此非祖制！”
“另外，不独尊程朱也非祖制，当请天子撤王、陈二人出孔庙！”
张文熙又说了起来。
师从王守仁的左都御史赵锦立即站起身来：
“那照这么说，贪墨六十两以上者，剥皮楦草也是祖制，为何要改此祖制为万历十年前皆不问？！”
“如果皇命大于祖制，就请照祖制遵守，继续追究万历十年以前的贪墨事！”
礼部左侍郎许国这时也跟着说了起来。
张文熙和李植等一时皆沉默了下来。
而最后因为改革派官员都不想被追究万历十年以前的事，再加上王学一派官员为了王守仁，也就联合起来默契地都支持不废考成，使得廷议结果最终是不废考成。
结束廷议后，翰林院掌院沉鲤也因此对申时行笑着说了起来：“吾总算是明白阁老为何突然要让王、陈入孔庙了！”