年前，机器人帝国靠着强大的战舰数量，把人类推到末路，当时，所有的人都以为，人类最多只有五年，五年后将成为那些钢铁机器的奴隶。”欣儿用着低沉的声音，趴在杰克的肩膀上，一句句，慢慢的说道。同时自己也陷入了回忆中，“我和其他九十九个少女一起参加了名为人类最终计划――
计划很成功，百名少女同时成为了战场上不败的利器，机器人舰队全面溃败，人类一下攻占回去多个星球。
战争胜利了，只有五个少女牺牲，却摧毁了无数的机器人的舰队。当时，我们百个生化少女成了人类的英雄。每当我们走到街道上，路人见到，都向我们打招呼，我以为，我就是人类的英雄。可是一个月后，恐怖的事情发生了，一号到第三十号试验体，全体爆走，具体原因不明，只知道当时她们驻扎的那个星球上的所有的生命在108小时内被三十个最终兵器杀死。军队派出百万战舰，三十个最终兵器少女在摧毁了部分人类的舰队后自杀了，自杀原因不明。
总之，从那天开始，我们这些原本就是孤儿的试验体的生活就变了，任何星球都反对我们驻扎。为此，我们这些人只能被军队隐藏在军事基地的试验室里。还好，也许是那些军队的高层看中了我们这些恐怖的杀人机器的价值，因此军队并没有进行赶紧杀绝，但是许多姐妹经受不住这个打击，自杀了，留下的只有不到三十位。”欣儿缓慢的一句句说着。虽然只是叙述个大概，但是杰克却听得心跳加速，最终兵器，小百灵留给自己的财富，不完成品被现在的人类研制出来，结果突然有一天，一部份不完成品由于某些问题，导致了人类和那些少女的决裂。
听完怀里的欣儿的叙述，杰克只能抱紧她，“放心，你们没有罪过，相信哥哥我，人类会原谅你们的，会回到从前的。”此时，千心正躺在自己松软的睡床上，粉红色的卧室，房屋里充满了十八岁少女的温馨。此时千心正躺在自己单人床上，双手抱着一个大熊猫的布娃娃，看着粉红的天棚，想着5年前的那场事故。作为知道前后因果的千心一直想淡忘，把那场最终兵器少女暴乱的事件忘记，但是今天杰克提起来，千心她才知道，那场事故除非彻底解决，不然很难从她记忆中忘却。五年前的那天早上。“父亲，你这是去哪？”还是十三岁的千心像个问题娃娃似的，整天提着问题，不过她却不知道这个问题，是自己父亲最后一次回答自己的。
“捕获东尼维，最终兵器少女的制造者，从她口中得到最终兵器少女的设计书，只要我们天使要塞先得到它，宇宙就是我们的了。”为了从小培养自己女儿当一个合格的指挥家的千富云不加思索的回答道。“最终兵器少女，就是我这几天看到的那些记录片上的少女吗？她们好厉害啊。”当时还是十三岁的千心拍着说说到。“等父亲我拿回来这些最终兵器的设计书，父亲我制造好多那些少女陪我可爱的千心玩，好吗？”天使要塞的总指挥千富云说到。“爸爸，我想跟你一起去。”千心拉着千富云的大手摇晃着昂求到。
就这样，父女二人，带着三千艘先遣队赶到卡瓦特星，当时的最高实验室，制造生化少女的实验室。父女二人从指挥室下来，在大批的私家兵的簇拥下，来到了实验室的外围。此时数个人类军事基地或要塞的头头，都亲自或是派手下来到了这个原本普通的实验室。实验室中央的实验椅子上，一个身穿白色工作服的中年少女正平静的坐在那，她的身后一排30名最终兵器少女正静悄悄的站在那。“东尼维，快把资料给我们东部联盟，只要给我们，保你后半生过的无忧无虑。”千心身旁一个肥胖子说道，千心知道，这个胖子是一个可以和父亲抗衡的势力的头头。
“东尼维，资料交给我天使要塞最好了，我会出资给你继续做着研究个，听说你这个最终兵器计划还没有完备，相信只要和我们天使要塞合作，有了强大的金钱支持，一定能克服重重困难，研制成功的。”千心的父亲也接着说道，用出资资助研究来打动尼雅，他知道，对于搞研究的人来说，每个人都梦想到一个优越的试验室搞试验。接着，还是小女孩的千
心，就听到身旁的叔叔伯伯们，用一个比一个优越的条件来换取那个传说中的生化少女的制造程序书。那些人边说，边看自己带来的士兵，并且暗中下达这命令，一幅只要资料出现就抢得样式。“错了，我错了，哈哈哈。
人类是贪婪的，我竟然已经犯了一次错误，把不该在这世界上出现的最终兵器带到人间，就该一同的毁灭。祖师百灵的程序，又岂能给你们这些贪婪的人。本来我以为我会成为人类的希望，但是今天，看到你们的嘴脸，我才知道，我错了，人类，拥有无尽的贪婪，程序，我死了，那些程序就一同毁灭，既然这样，那我们就一同毁灭。”说完东尼维暗中点动了下身后的红色按钮。就看她身后的三十个少女，集体变成最终兵器的形态，和以往不同的血红翅膀从她们身后出现，身体全被从**里出现的机甲覆盖，无数的激光束的火炮从少女的胳膊上竖起，接着嘴角里机械性的说着，“启动终极毁灭程序，消灭一切生物。”接着，激光束向人们无情的扫射，而第一个被杀的就是已经没有活下去的勇气的东尼维。穿着一身白衣的东尼维第一个被她制造出来的恶魔的激光束齐射而死。
鲜红的血液击打在实验桌前，不过她死前却是面带笑容，不知是笑自己还是笑人类未来的命运。“撤离，速度撤离。”在三十个最终兵器少女集体疯狂后，所有的人类都被混乱的场面震惊了。三十道血红的光芒，在人群里穿插，一个个护卫被这些少女无情的杀害。人类带来的那些小型的能量枪，即使击中了也只能使得这些少女一顿，能量枪击中后她们的机甲上一丝伤害都没有留下。
“速度把我的女儿抱上逃离舰，起飞，回到天使要塞。”
千心的父亲立刻嘱咐一个手下说道。看着眼前的情况，千富云知道，如果不跑，现在都点毁灭，对付这些最终兵器，而且现在看来，她们全身被机甲覆盖，翅膀变为血红，无一丝人类的的感情，杀伤力绝对恐怖，即使是战舰也不一定能伤害她们。接着千心被强行抱着离开，从那一晚之后，她才知道，自己的父亲不能再抱着自己了。接着，第二天，年仅十三岁的千心，按照自己的爷爷安排，成为天使要塞的总指挥。随着千心长大，她逐渐了解到她被抱走后的情况，所有的人类战舰，对着已经疯狂的三十个最终兵器少女进攻，但是拥有灵活多变加上强大火力的机甲少女对着这些人类战舰来说简直是单方面屠杀。
这场连续持续了108个小时的屠杀，战舰，一艘艘被最终兵器摧毁，人类第一次认识到她们不是天使，当天使的羽翼被鲜血染红，她们将变为从地狱而来的恶魔。太空方面的舰队，那些企图控制住最终兵器摧毁这个星球上所有生命体，但是当他们加入后，起到的作用只是迟缓步入鬼门关得脚不。不得已，所有的军方舰队，只能撤离，逃离到宇宙外。通过卫星看着这个美丽的星球被三十个少女摧毁，在星球上的人们，由于最终东尼维的程序设定，只有一死，最终兵器的生物扫描系统，使得整个星球在108个小时内成为地狱。无数的军人，在外太空战舰里，看着人类，被一个个最终兵器杀害，面无表情，身披血红色机甲，背后两个红色翅膀的最终兵器们。
108小时后，三十个少女从程序中醒来，看到整个星球到处是人类的残肢断臂，而已经一片废墟的星球，三十个少女立刻被眼前的景象惊呆了。回想到刚刚的一百零八个小时的经过，恐怖，三十个少女都不敢相信这是真的，自己的身体都不被自己控制，脑中只有一个思想就是杀死一切生物。恐慌，三十个少女立刻恐慌起来，罪人，十分钟后，她们被眼前的景象崩溃了，最终集体自杀在星球的上空，三十到红光坠落到大海里。那一天后，被剪切的视频录像传到网络上，各个星球的政府，坚决反对自己星球上有最终兵器少女的驻扎，在他们看来，那些少女，是恶魔的代名词，要是哪一天她们暴乱，毁灭的就是自己星球。
而这些最终兵器的暴乱原因，只有少部分人知道，并且这些人五年来一直沉默，在外人看来，这些少女的暴乱就是因为当初实验出现BUG。千心慢慢从回忆中醒来，枕头已经被泪水弄湿。