人类联盟和机器人帝国的外太空宇宙中，一个在太空移动着的巨型要塞，超级巨大的黑色，长方体要塞，一眼望不到尽头的太空堡垒。外层金属带着杀气的黑色，浓重的黑颜色，让人看到它就有一种沉重的压抑感，要塞四周金属壁上，排列着的众多炮台和战舰，的弹出装置，让人和想要靠近它的生物不敢小瞧。这座巨型军事要塞，内部拥有着完善的保持内部成员舒适生活的城市建设系统，整个就像是一个漂浮中的星球。这就是三千年前，天龙帝国数一数二的超级势力，暗黑基地。
三千年来，暗黑基地已经在宇宙中漂流了无数个日日夜夜。今天，它，这个三大帝国曾经的最高成军事机构，今天将从新的回到三大帝国原本的星空下。早在三千年前，杰克消失在最后一场对新人类的战役中的时候，身为杰克的妻子，暗―菲利丝可说是对杰克的感情不容置疑。在稳定了新人类战役带来的动荡后，暗菲利丝就开始着手，在浩瀚的宇宙中去寻找杰克，当时据幸存下来的人员汇报，不知道是弹射漂流到什么地方的救生舱去了。可是当时的暗―菲利丝并没有预料到，一个突然开启在黑龙帝国外太空，通往外星生物的空间门出现了，面对人类联盟生死存亡的危急。
暗―菲利丝抵挡不住手下的游说，只能忍痛放弃暗黑家族主战战舰队对杰克的搜寻行动，只留下几小搜寻组继续寻找杰克的踪迹，其它舰队随着暗家SSS级别主舰，一同开往黑龙帝国外太空，外星生物出现的地点，进行抵御来自外太空的威胁。数年之后，当通往外太空的空间门被小哑研制的科技炸弹摧毁封闭后。暗―菲利丝才有时间和精力，发动整个暗家去寻找自己心爱的丈夫。可是时隔多年，当初载着杰克逃离的救生舱已经不知道在广阔的外太空，飘荡到何处，不论是寻找范围还是难度，等和最初相比，难度系数成几何倍数增长。每日看着手下丝毫没有杰克救生舱消息的汇报，每天深夜暗―菲利丝都会独自一人，静静的呆在曾经和杰克一同生活的战舰休息室内，通过投射装置，看向外那虚无缥缈的外太空，那时刻都会不停演变的外空景色，黯然泪下。
暗家的部下，看着自己的家主，一天比一天消瘦下去，并且每日里看到平时精神饱满的家主，整天六神无主地样子，把眼泪含在眼里，把思念得痛苦隐藏在内心的悲哀。暗家的那些部下们，现在已经开始后悔，早知道自己的族长大人，会因为思念杰克变成现在这个失魂落魄的样子，当初在外星生物进攻人类联盟的时候，就不该整天在暗菲丝勉强下，游说出兵解救人类危亡和一些难听的话语。要是当初暗黑家族的军队没有撤军，众多战舰在杰克当初失踪的地点进行寻找的话，说不定现在已经找到那个救生舱。可是，已经世隔多年，历经了外星生物抵抗战役后，当初杰克搭乘的救生舱早已经发出不了任何的求救信号，并且连能源探测器，除非距离很近的距离，才有可能发现救生舱的地点。
但是这一切，相对于广阔的外太空来说，来寻找一个数年之前就失去联系的救生舱，简直比大海捞针还要困难。暗黑家族的将领们，不敢去猜想要是杰克失去救生舱的能源维持日常的生活，因为窒息或是饥饿死在宇宙中，成为一具尸体后，自己的族长大人，发现后将会悲痛欲绝的情景。而现在众多关心着自己族长大人，暗菲利丝的部下们，唯一能为这位敬爱并坚强的少女做的，就是每日去认真地寻找各自负责的领域，抱着一丝幻想，去找到杰克亲王。终于，在暗菲利丝第26岁生日那年，定下了一个她已经思考过许久的事情。
暗菲利丝决定在自己生日的当天晚上，利用利用暗黑家族内部强大的科技，把自己冰封在最新建设成功的暗黑要塞的最深处。以此来等待杰克，等待那个放浪不羁的丈夫的归来。在冰封当日清晨，菲利丝把控制家族军队和政治的大权，交还给了自己的伯父，并且辞掉了自己族长的地位。当天晚间，暗菲利丝穿着华丽的盛装，再最后观看了一眼和杰克生活时候的全息图像之后
，毅然的走进了超长时间设置的，当时宇宙最高科技的休眠舱，进行沉睡。
并且走入前的暗菲利丝向手下下达了最后一个命令：
“未来不论发生什么，都与我无关，只有当自己的夫君再次出现之时，才允许解除我的冷冻，把我从沉睡中唤醒。作为暗黑家族的人，我有自己的觉悟，但是能为暗黑家族做的，我都已经奉献出去了，这其中包括我丈夫杰克的安危和获救的可能。为了家族，我放弃了寻找杰克的最佳时机，这在我看来，是我今生做的最错的一件事。我不能再把我的青春奉献给暗黑家族，那时即使相见杰克，他不会在意我的老迈，我的内心也不允许年老的自己，出现在杰克面前，这会让我日后的生活在对他的内疚之中。我将在沉睡舱之中，等待着自己的爱人的出现，即使是百年千年，过去了，我对他的爱意都不会有丝毫的改变。
当我苏醒的时刻，我将穿着生日礼服，来迎接自己的丈夫重现在这宇宙世界之中…-”随着暗菲利丝下达着这条最后的话语的结束，她的父亲，连同长辈，朋友，都没有去劝阻这位为爱饱受思念痛苦折磨的女孩。他们清楚地知道，就是强迫菲利丝留下来，思念得痛苦，早有一天，会折磨得这个坚强的小女孩病倒并死去。生活现在对于菲利丝来说，与其说是无尽的等待，到不如说一种沉重的痛苦，永远生活在对过去的怀念，和对自己的自责。为此，还不如早日让菲利丝冰封进行沉睡，即使面对的等待，是一个未知的，一个谁都不清楚是否会有结局的期盼，也算是一种对于菲利丝现在来说最好的解脱。
随后暗黑家族的权利系统，从新回到老一辈人们的手中，并且菲利丝的大伯父，在接受暗家主控权的时刻，向手下下达了新的命令。暗黑要塞，连同所属舰队，人民，开往外太空，去开辟未知的宇宙，进行新的基地的建设。并且连带着找寻杰克这位有史以来最为传奇的一代亲王的信息。可是，这一决定，就是当时的暗黑家族的所有族人们都没曾料到，这一走就是三千年。到不是暗黑家族的人们想这么长时间一直在浩瀚的宇宙中漂流，不回到自己的故乡。
相反，暗黑要塞所有的居民，连同士兵们，都在离开了人类联盟第50年的时候，想再次回到自己所熟识的星系，自己的故乡。即使现在，人类的寿命随着科技的发展得到了很大程度延长，但是一个人的生命月，可没有几个五十年来消耗。可是在暗黑要塞回归的路途中，不幸的事情发生了，一场超级巨大的宇宙电磁风暴，突然间出现在要塞回归的航线之上。为了抵御躲避这场人力难敌的宇宙电磁风暴的袭击，保存暗家最后的实力，暗黑要塞只能忍痛开启了还没有调至好空间点的大型空间跳跃系统。但是即使这样，暗黑要塞也没有完全幸免在这次风暴之中，分布在要塞四周的战舰，分别被强大的电磁风暴损坏了舰体和通讯，电子设备，而暴毁在宇宙之中。而暗黑要塞，因为仓促的启动空间跳跃，受到电磁风暴的强力干扰。
使得暗黑要塞虽然空间跳跃成功，但迷失在遥远的宇宙之中，并且要塞外部严重受损。随后的数百年，当暗黑要塞内部的科技人员，找到了一个适合人类居住的星球，并且修理好了要塞，建设了强大的太空战舰之后，再次踏上了寻找自己的故乡，人类联盟星系的漫长旅程。随着一个个星系的探寻，宇宙的广阔程度远远超过暗黑族人的预想程度，在见识到各种各样的种族，凭借着武力和智谋，战争，躲避了众多的危机之后，寻找故乡，已经成为从上传下来，代代相传的主训。就这样，三千年的漫长时间过去了，今日，暗黑家族的主控要塞，终于发现了原本自己祖先们描述过和自己故乡，十分相近的星系。
为此，在这一消息公布的同时，要塞中的人们欢呼，跳跃，并且开启了联系装置，和人类联盟的后代，一个出现在外太空的大型太空要塞（天使要塞）进行对话。